电子通关是通过检验检疫机构与海关计算机系统的联网，实现检验检疫机构签发的电子通关单数据在海关的提前备案，货物报关时实现报关单与通关数据的自动比对，大大提高了通关效率。
目前已实现了通关单联网核查。“通关单联网核查”是依据“先报检、后报关”原则，海关和质检采用信息化手段，对法定检验检疫的出入境货物，实行出/入境货物通关单电子数据与报关单数据联网核查，进一步提高通关效率。基本流程是：根据海关总署与质检总局商定的电子报文格式，质检按照有关法律法规的规定对法定检验检疫货物签发通关单，实时将通关单电子数据通过质检电子业务平台、经电子口岸信息平台传输给海关，海关凭通关单电子数据验放，并在办结海关手续后实时将通关单使用情况反馈质检。
