真菌毒素往往渗入食物内部，看不见、摸不着，又普遍耐高温，煎、炒、烹、炸无法去除。因此防止真菌毒素危害，首先要防止食物的霉变。
1、在正规的食品市场购买新鲜、保质期内的食品，避免购买长时间贮存的食物；
2、食物贮存使用抽真空或充氮气等方法，因为霉菌是喜好氧气的微生物，在厌氧条件几乎不能生长；
3、尽量购买小包装的食物；
4、食物贮存时要注意通风，因为霉菌喜欢温暖、潮湿的环境，通风可以使食物干燥，降低食物的温度，防止霉菌的生长和产毒。
5、利用仪器检测，深芬仪器生产的真菌毒素快速检测仪能够快速定量检测粮食、饲料、谷物、食用油、调味品等食品中黄曲霉毒素、T2毒素、呕吐毒素、赭曲霉毒素、伏马毒素、玉米赤霉烯酮，真菌毒素快速检测仪适用于粮油监测中心、粮油饲料生产加工、食品加工贸易、畜禽养殖户自查、工商质监部门用于市场快速筛查等。
同时我国的强制性基础标准《食品安全国家标准 食品中真菌毒素限量》（GB 2761）中，规定了人们常吃的食物中，对人体危害较大的真菌毒素（黄曲霉毒素B1、呕吐毒素、展青霉素、赭曲霉毒素A及玉米赤霉烯酮）的限量值。同时严格要求，食品生产和加工者要采取控制措施，使食品中真菌毒素的含量达到水平。
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