一、申报：补偿贸易合同项下进出口货物，由货物收发货人或其代理人向海关如实申报，并交验以下单证：进出口货物报关单(淡绿色);《登记手册》;有关商业、运输单据：发票、装箱单、提单、运单等;海关需要的其他单证。
二、监管：对合同项下涉及国家应税管理的货物，进口时，海关按保税制度进行监管，凭合同及《登记手册》免税验放，出口时，按一般贸易规定办理。
三、相关规定
1、除经批准在过渡宽限期内的补偿贸易项目外，自1996年4月1日起取消补偿贸易基础上进口加工设备免征关税和进口环节税的规定，上述贸易项目进口加工设备免征关税和各进口环节税的规定，上述贸易项目进口的设备按一般贸易规定办理手续。其进口设备一律照章征税。
2、1996年4月1日前(不含当日)，外经贸部门在其审批权限内依法批准的补偿贸易项目，且在1996年5月15日(含当日)前进口的，仍可按原优惠政策办理。对设备进口额在3000万美元(不包括1995年12月28日以后追加的投资)以上的，可通过对外贸易经经济合作部报国务院批准后，宽限期可延长到1997年12月31日。有关补偿贸易合同在补偿完毕后，对继续出口的产品以及用其出口收汇购进的设备等，海关按一般贸易进出口货物办理有关手续。
