入境检验检疫收费是根据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则《中华人民共和国食品卫生法》的有关规定实施的。收费对象是向入境检验检疫机构申请检验、检疫、鉴定等业务的货主及其代理人。
(一)检验检疫收费包括：入境检验检疫费、考核、注册、认可认证、签证、审批、查验费、入境动植物实验室检疫项目费、鉴定业务费、检疫处理费等。
(二)检验检疫收费基本上是以货物总值为基础，按费率计收或以重量、数量、检验检疫或鉴定项目为基础按定额计收。
(三)计费时根据不同的申请类别、不同的货物类别、不同的检验检疫内容、不同的检验检疫项目，采取不同的费率和定额。然后再根据检验检疫、鉴定的结果、检验检疫方式、货物的性质、检验检疫鉴定费金额大小(检验内容的相关性)、贸易方式及签证要求，对照规定计算出最后的收费金额。
(四)检验检疫收费基本上采取预收费或月底结算两种方式。对预收费者，申请人取证(单)时，根据检验检疫结果，采取多退少补的补救措施。
