俄罗斯海关实行垂直管理体制，统一管理全国海关，在组织机构上可分为四个层次：海关署、直属地区海关局（直属海关）、隶属海关、海关监管点。署机关内设21个局（即组织监督总局、信息技术总局、海关监管总局、反走私总局、商品目录和贸易管制总局、后勤保障总局、联邦海关收入局、财经总局、监督审计局、外汇监管局、条法局、行政事务局、干部局、社会联系局、海关安全局、稽查局、海关合作局、海关统计分析局、调查局、强力保障局、法制局）；7个直属地区海关局（分设在俄联邦七大行政区中，即中央海关局、西北海关局、远东海关局、南方海关局、西伯利亚海关局、乌拉尔海关局、伏尔加河沿岸海关局），直属海关5个（弗努科沃机场海关、达玛捷多瓦机场海关、谢列梅捷沃机场海关、中央消费税海关、中央能源海关），直属专业化地区海关局4个；隶属海关127个；海关监管点709个、监管口岸446个。此外，俄海关共有8个驻外代表处（驻白俄罗斯、乌克兰、哈萨克、吉尔吉斯、芬兰、德国、比利时和中国），海关学院1个、分院3个（拟增至6个）。世界海关组织欧亚经济共同体成员国教育培训中心设在俄海关学院，独联体地区信息情报联络中心设在莫斯科。
俄罗斯海关现有关员64000余人。其中，署机关人员为1882人，1/3关员带有关衔，2/3关员不带关衔，按国家公务员管理。俄罗斯联邦海关署现有署长1人、副署长5人（6位副署长的编制）。现任署长为别利亚尼诺夫。
俄罗斯海关的基本职能是：监管、征税、绢私、统计和其它海关业务。
每年10月25日是俄罗斯海关日。
